Historia kościoła p.w. św. Anny w Kodniu wiąże się nierozerwalnie z obrazem Matki Bożej de Guadelupe, nazywanej od 1875 r. Matką Bożą Kodeńską. Wzmagający się od lat 20. XVII w. kult maryjny wśród mieszkańców Podlasia i rozległych terenów Rzeczypospolitej Obojga Narodów spowodował, że ówcześni właściciele Kodnia, tj. Mikołaj Pius Sapieha i jego żona Anna, z Wojnów, zdecydowali się na budowę po wschodniej stronie rynku murowanego kościoła p.w. św. Anny. Spowodowane to było faktem, że świątynie w których wcześniej eksponowano obraz, tj. murowana kaplica zamkowa Sapiehów, później drewniany kościół św. Anny, były zbyt małe, aby mogły pomieścić wszystkich pątników.

Kościół w niezmienionym kształcie architektonicznym służył katolikom do upadku powstania styczniowego. Władze carskie w 1865 r. zlikwidowały parafię rzym.-kat. w Kodniu. Formalnie 27.05.1875 r. kościół św. Anny został przemianowany na sobór prawosławny p.w. św. Trójcy. W dniu 21.07/2.08.1875 r. świątynia została ostatecznie zamknięta dla katolików i unitów. Tego samego dnia wywieziono obraz Matki Bożej de Guadelupe zaprzęgiem konnym do Terespola i dalej koleją do częstochowskiego klasztoru paulinów na Jasnej Górze. W ciągu kilku tygodni świątynia w Kodniu została przebudowana. Kopule nadano cebulasty kształt, upodobniając budowlę do cerkwi.

Wybuch I wojny światowej wyzwolił u miejscowych łacinników chęć reaktywowania katolickiej świątyni. Jednak dopiero 24.04.1917 r. mogli oni odprawić, pierwszy raz od ponad 40 lat, nabożeństwo w rycie łacińskim. Niemal natychmiast po odzyskaniu przez Polskę niepodległości (w przypadku południowego Podlasie dopiero w drugiej połowie stycznia 1919 r.) przystąpiono do przywracania blasku kodeńskiej świątyni. Najpilniejszą sprawą była likwidacja elementów architektonicznych charakterystycznych dla prawosławia, z czym uporano się stosunkowo w szybkim czasie. Jednak powszechne zubożenie społeczeństwa w pierwszych latach powojennych nie pozwoliło na prowadzenie większych prac adaptacyjnych w kodeńskiej świątyni. Z tego powodu powracający po ponad 50-letnim wygnaniu obraz Matki Bożej Kodeńskiej został wprowadzony 4.09.1927 r. do kościoła pozbawionego całkowicie wyposażenia. Dopiero mozolna wieloletnia praca oblatów, sprowadzonych w połowie 1927 r. do Kodnia przez bpa podlaskiego Henryka Przeździeckiego, zaowocowała przywróceniem dawnej świetności świątyni. Szczęśliwie działania zbrojne II wojny światowej nie poczyniły większych uszkodzeń w konstrukcji budowli. Z okazji uroczystości 250-lecia koronacji obrazu MBK papież podniósł (stosowny dekret odczytano publicznie 15.07.1973 r.) kościół św. Anny do godności bazyliki mniejszej.

Bogate wyposażenie kościoła św. Anny pochodzi z lat 30. i 40. XX wieku Projektantem i zarazem głównym wykonawcą: bocznych ołtarzy, stalli, ambony, chrzcielnicy, ławek, konfesjonałów, prospektu organowego i stacji drogi krzyżowej był Marian Kiersnowski. Niezmiennie od 8.09.1928 r. rozbrzmiewają w kodeńskiej świątyni osiemnastogłosowe organy.

Zakonnicy z godnym podziwu samozaparciem przy wydatnym wsparciu parafian, niezliczonych rzesz pątników oraz dotacji z Unii Europejskiej utrzymują do dnia dzisiejszego kościół p.w. św. Anny w doskonałym stanie technicznym. W pierwszej połowie 2014 r. wykonano remont kapitalny, liczącej ponad 300 lat posadzki kościelnej. Dobitnym przykładem dbałości oblatów o powierzoną im świątynię są zakończone w pierwszej połowie 2018 r., trwające kilka lat prace renowacyjne sklepienia świątyni, mające na celu przywrócenie mu pierwotnego stanu z czasów fundatorów kościoła.

Murowany kościół św. Anny ta niezwykle piękna i harmonijna w kształcie świątynia powstała w stanie surowym w latach 1629-1635. Jego budowniczy Jan Cangerle (murarz z lubelskiego cechu) reprezentował tzw. renesans lubelski, który charakteryzował się m.in. krzyżowym układem nawy, z dobudowywanymi zwyczajowo parami kaplic. W przypadku świątyni kodeńskiej są to kaplice: św. diakona Szczepana (po prawej stronie) oraz św. Józefa (po lewej stronie). To dlatego kościół św. Anny jako jeden z 42 tego typu obiektów znajduje się aktualnie na liście Szlaku Renesansu Lubelskiego. Ciekawostką architektoniczną budowli są znajdujące się w prezbiterium (na wysokości I piętra), niewielkich rozmiarów dwa pomieszczenia z oknami, przez które członkowie rodziny Sapiehów mogli obserwować i zarazem uczestniczyć w nabożeństwach. Prace wykończeniowe (trwające dziesięć lat) finansował już ich syn Kazimierz. Niestety, w czasie potopu szwedzkiego (1655-1659) kościół został w poważnym stopniu zniszczony i całkowicie ograbiony. Jan Fryderyk Sapieha, kanclerz wielki litewski, sfinansował naprawę szkód wojennych oraz budowę wieży-dzwonnicy wraz z kaplicami w kruchcie, którym współcześnie patronują św. Antoni i św. Eugeniusz. Wraz z ich powstaniem w 1709 r. uległ zachwianiu porządek architektoniczny frontonu świątyni. W tej sytuacji Sapieha w 1710 r. ufundował barokową fasadę, którą można podziwiać do dnia dzisiejszego. W 1812 r. świątynia wraz z grobowcami (głównie Sapiehów) znajdującymi się w jej podziemiach została ograbiona przez żołnierzy carskich, ścigających wojska napoleońskie.